Noi am luat caracteristicile imune ale populaţiei din România, de tip caucazian, care se regăseşte în toată Europa şi America de Nord, în linii mari.
Tratamentul coronavirus vine din Timisoara?
Ţinând cont de caracteristicle imune, ale răspunsului imun la diverşi stimuli antigenici, în cazul de faţă la coronavirus, şi folosind datele publicate, am propus o serie de peptide, de antigene, de mici proteine, un amestec care să acopere, în practică, toată populaţia României.
Noi, dacă am fi aparatura necesară, l-am fi făcut mai repede. Mai departe, noi nu putem produce la scară mare acest vaccin. Noi venim cu o soluţie, care este un compromis între vaccinarea industrială, cea practicată în gripa obişnuită, şi cea individualizată, care nu se aplică, pentru că este scumpă”, a declarat prof. dr. Virgil Păunescu, coordonatorul Oncogen.
Cercetătorii OncoGen propun o abordare inedită pentru producerea de candidați pe bază de vaccin peptid pe bază de epitop pentru noul China coronavirus (nCoV).
Virusul pneumoniei de pe piața fructelor de mare Wuhan, cunoscut și sub denumirea de 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV) este o rudă atât a virusului sever mortal respirator acut (SARS), cât și a sindromului respirator din Orientul Mijlociu (MERS).
Conform Nature Briefing, până la 28 ianuarie, numărul cazurilor confirmate a sărit la peste 4.500, cu peste 100 de persoane decedate ca urmare a infecției. Prin comparație, SARS s-a răspândit la nivel global în 2002-03, infectând 8000 și ucigând peste 700 de oameni.
Vaccinurile tradiționale pentru boli virale au avut un succes limitat în cazul epidemiilor virale cu rate mari de mutație.
Abordarea pe care am folosit-o pentru proiectarea potențialilor candidați la vaccinul peptidic are o strategie mai personalizată, denumită vaccinomică, care permite selectarea proteinelor virale țintă cu rate de mutație scăzute și proiectarea peptidelor adaptate la caracteristicile imune ale populațiilor țintă, variabilă pe baza locației geografice și a etnicității.
Pe baza variației de alele MHC uman (antigenul leucocitelor umane), vaccinurile peptidice pot fi făcute mai relevante pentru o comunitate sau individ. Selecția peptidelor care ar putea acționa ca vaccinuri este determinată de legarea peptidei virale procesate cu moleculele majore ale complexului de histocompatibilitate (MHC) clasa I și II și alelele HLA relevante.
Detaliile tehnice ale abordării utilizate sunt detaliate mai jos:
Am identificat candidații la vaccinul peptidic multiepitop împotriva nCov, care pot declanșa atât răspunsul imunitar al celulelor T CD4 + cât și CD8 +. În acest scop, am proiectat 15-30 aa peptide sintetice lungi (SLPs), astfel cum au fost propuse de Rabu și colab. (2019), folosind un linker sensibil la cathepsină (LLSVGG) pentru conectarea epitopilor cu restricție MHC clasa I la epitopii cu restricție MHC clasa a II-a, cu epitopul MHC clasa II localizat întotdeauna la capătul N-terminal, pentru a stimula atât CTL-urile cât și T limfocite ajutatoare (împreună cu sistemul imunitar înnăscut).
GenBank Acc. Nr. Izolat de coronavirus Wuhan-Hu-1 utilizat pentru analiză: MN908947.3, care este identic cu Ref Seq NC_045512 (ref seq provisonal, sub revizuire de NCBI): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore /NC_045512.2
Este un virus ARN poli-adenilat monocatenar, cu sens pozitiv, cu un genom de 29,9 kb (29903 bp), printre cei mai mari dintre genomii virusului ARN.
Secvențe genomice complete cunoscute până în prezent: proteine S și M importante ca țintă pentru vaccinul nCoV; S = spike (pentru aderență și fuziune); M = membrană (pentru replicare și exocitoză virionică).
Instrumentul de la serverul Imune Epitope Database (IEDB) a fost utilizat pentru a identifica epitopii potentiali ai celulelor T din secvențele proteinelor S și M. Pentru epitopii cu celule T CD8 +, metoda de predicție a integrat legarea MHC clasa I, clivajul proteazomal și eficiența transportului TAP.
Mai multe epitopuri au fost selectate pentru analize suplimentare bazate pe scorul general ridicat și dacă au arătat o afinitate mare de legare la MHC (IC50 <50 nM) (Tabelul 1). Pentru epitopii celulelor T CD4 +, s-a ales peptida de rang cel mai înalt bazat pe legarea MHC clasa II (tabelul 2).
Alelele de clasă I și clasa II MHC considerate au fost cele mai frecvente alele din România, conform Constantinescu și colab. (2017):
- HLA-A*02 (29%)
- HLA-A*01 (14.3%)
- HLA-A*24 (11.2%)
- HLA-B*35 (16%) (superfamily B07)
- HLA-B*18 (11%) (superfamily B44)
- HLA-DRB1*11 (18.5%)
- HLA-DRB1*03 (11.3%)
- HLA-DRB1*13 (10.5%)
